Tout ce que vous voulez savoir sur le covid19 sans jamais oser le demander
13 Mai 2020
« Les épidémies commencent en devenant de plus en plus contagieuses, de plus en plus graves. Puis petit à petit, elles le sont de moins en moins"
Aujourd'hui, c'est jour de déconfinement, malheureusement après ces belles journées ensoleillées, nous voilà à nouveau dans la grisaille et sous la pluie pour beaucoup d'entre nous. C'est un peu comme si le temps s'était mis au diapason de l'humeur des Français, entre stress et angoisse avec cette rentrée sur fond de crise sanitaire.
Je n'ai pas de boule de cristal, mais les dernières études des données de nouveaux cas, de personnes hospitalisées etc, sont plutôt porteuses d'espoir, évidemment, on ne pourra pas échapper à quelques clusters (ensemble de personnes contaminées à partir d'un individu porteur) car le virus circule encore mais tout est mis en place pour tester et isoler les personnes porteuses du covid19 donc nous pouvons retrouver une vie plus sereine.
Guillaume Durand reçoit dans son émission matinale l'invité politique, sur Radio Classique, le Professeur Didier Raoult
Ce mardi 05 mai, sur Radio Classique, le Professeur Raoult interviewé par Guillaume Durand, a confirmé que nous approchions de la fin de la pandémie.
L'épidémie mondiale de covid19, selon lui, se présente sous la forme d'une courbe en cloche qui est une forme banale pour les courbes de la plupart des infections respiratoires transmissibles.
Toutes les courbes de nouveaux cas, qu'elles soient en France, en Europe ou dans le reste du monde ont sensiblement la même forme, avec ou sans confinement.
Le professeur Didier Raoult, éminent infectiologue, a noté que le nombre de personnes contaminées se présentant à l'IHU de Marseille (Institut Hospitalo-Universitaire), diminue comme en France et dans le reste du monde. La deuxième vague lui paraît donc improbable car les données ne vont pas dans ce sens. Tous les instituts à travers le monde observent la même décroissance avec ce type de courbes en cloche.
D'après lui « Pour des raisons que personne ne comprend, les maladies épidémiques sont comme ça, elles commencent, elles deviennent de plus en plus contagieuses, elles deviennent de plus en plus graves et puis petit à petit, elles diminuent et elles sont de moins en moins contagieuses". C'est, semble-t-il, ce qui se vérifie pour la plupart des épidémies.
Il a remarqué que le virus est actuellement moins contagieux et que le risque de contamination secondaire est donc désormais beaucoup plus faible qu'il y a un mois.
Alors allons vérifier cette hypothèse avec les dernières données scientifiques et médicales disponibles.
Le virus est moins contagieux maintenant que ce qu'il était il y a un mois.
https://renkulab.shinyapps.io/COVID-19-Epidemic-Forecasting/
Pour comprendre ce phénomène, nous allons nous intéresser à l'analyse des mutations observées et à leurs conséquences au niveau de l'expression du virus en corrélation avec les symptômes observés.
Pour ceux qui le souhaitent et pour mieux comprendre de quoi je vais parler, je vous invite à lire ou relire au préalable mon article sur le covid 19 et ses mutations. Comme je vous l'avais mentionné dans cet article, les coronavirus mutent régulièrement. Ces mutations se font à une fréquence moindre que pour les virus de la grippe mais suffisante pour voir apparaître de nombreux mutants.
Depuis que le premier génome du covid19 a été décodé, 17000 autres génomes ont été séquencés à ce jour et partagés sur le site GISAID dont certains portent des mutations distinctives. Il peut aussi arriver que lors de ses mutations certains accidents arrivent, comme des pertes de certaines parties du génome ou plus rare, des ajouts.
Dès le mois d'avril, 33 souches distinctes pouvaient être dénombrées avec des caractéristiques légèrement différentes par rapport à la souche ancestrale. Des scientifiques, avait observé, qu'un des mutants avait acquis la capacité de produire une charge virale 270 fois supérieure à la souche classique. D'autres équipes ont trouvé des délétions (perte d'une partie du génome) sur d'autres souches de virus SARS-CoV-2.
Il y a-t-il eu la phase d'augmentation de la contagiosité et de la gravité du virus ?
Nous avons malheureusement constaté l'augmentation de la contagiosité et de la gravité des symptômes du virus lorsque la vague a frappé de plein fouet les pays européens et New York.
Comment expliquer que les cas les plus graves auraient été observés en Europe et à New York ?
Nous avons observé une attaque plus meurtrière du virus en Europe et New-York par rapport aux pays asiatiques, touchés les premiers. Dans un article du New York Times, deux groupes de chercheurs distincts, ayant travaillé sur les génomes en sont venus aux mêmes conclusions, que la plupart des cas de coronavirus de New York sont bien venus d'Europe où l'épidémie touchait sévèrement les populations du vieux continent.
Les analyses génétiques des populations de 103 génomes du SARS-CoV-2 ont indiqué que ces virus ont évolué en deux types principaux (désignés L et S). La forme S, la version ancestrale représentait 30% des génomes étudiés alors que la souche du type L représentait environ 70%. Les scientifiques concluaient que l'intervention humaine avait pu exercer une pression sélective plus sévère sur le type L, le rendant plus agressif et apte à se propager plus vite.
Une autre étude a montré que la plupart des sous-souches dont les mutations se situaient sur les gènes ORF8 et ORF1a (codant pour deux protéines) se trouvaient sur des patients à l'extérieur de Wuhan.
Pour rappel, il y a dans nos cellules des petits systèmes capables de traduire les messages contenus dans notre matériel génétique et de produire des protéines qui sont des assemblages de petites unités que l'on appelle "acides aminés".
Les européens et les new-yorkais auraient donc eu des souches plus virulentes que celles circulant au début de l'épidémie en Chine.
Que savons nous de la précédente épidémie de SRAS ?
En 2003, lors de l'épidémie de SRAS (avec le virus SARS-CoV), on a pu observer une courbe en cloche avec une accélération et une régression comme le mentionnait le professeur Raoult.
Au cours de la progression de cette épidémie, on a constaté dans la population humaine, l'apparition d'un certain nombre de variantes génétiques, du fait des mutations génétiques inévitables.
Une grande proportion de ces virus présentait des mutations ou des suppressions de matériel génétique au niveau du gène codant pour la protéine "ORF8". Et ces mutations ou délétions étaient associées à une aptitude réduite du virus à se répliquer.
Vers la fin de l'épidémie de SRAS, en 2003, les séquences des génomes provenant des virus prélevés sur les derniers patients contaminés, étaient exempts du gène codant pour "ORF8", ce dernier ayant été supprimé du matériel génétique du virus d'origine. Cette suppression pouvant être associée à une forme d'adaptation à l'hôte.
Le même type de phénomène a aussi été observé pour les virus SARS-CoV de chauves souris, avec une disparition similaire de cette fraction du génome codant pour la protéine "ORF8".
Dans une étude chinoise, menée sur 63 échantillons (isolats) de SARS-CoV, les chercheurs ont noté des variations majeures dans la région du génome viral où se situe le gène ORF8 et ont d'autre part observé une corrélation entre les différentes phases de l'épidémie et les différentes variations constatées dans cette région du génome.
Ils identifiaient 3 phases.
La phase précoce : la période de première apparition du SRAS où le gène ORF8 était présent.
La phase intermédiaire où ont été observées des mutations ou des délétions de séquences de nucléotides plus ou moins longues, dans la zone du gène ORF8.
Et la phase tardive où le gène ORF8 avait complètement disparu du génome, ce qui semble avoir signé la fin de l'épidémie de SRAS due au SARS-CoV.
Lors de cette épidémie de SRAS chez l'homme, la suppression d'un fragment du génome de 29 nucléotides de la région ORF8 semble s'être produite rapidement. On a aussi noté sur plusieurs mutants issus de patients de Hong Kong, une délétion de 386 nucléotides dans cette même région du génome, chez certains patients.
Le virus SARS-CoV-2 est proche du SARS-CoV (90%) et parmi leurs similitudes, la présence de la protéine spike (S) mais aussi le gène ORF8 codant pour la protéine 8 (que j'appellerai ORF8).
On pourrait donc émettre l'hypothèse que les mutations puis la suppression de cette partie du génome du SARS-CoV-2, puisse expliquer le phénomène d'accélération puis de régression de cette maladie épidémique, avec une expression de moins en moins virulente de la maladie Covid-19, jusqu'à sa disparition complète.
Découverte d'une délétion de 382 nucléotides au cours de l'évolution précoce du SARS-CoV-2 (référence n°6)
Ce type de mutation a-t-il déjà été observé pour le SARS-CoV-2 ?
Une équipe a observé sur le SARS-CoV-2 que, bien que les mutations soient faibles dans la région du génome où l'on retrouve les gènes codant pour les protéines ORF,13 sites de variation ont été identifiés, dont deux (un dans ORF8 et l'autre dans ORF1a) qui ont montré des taux de mutation de l'ordre de 30%.
Dans un autre article en pré-impression du 12 mars 2020, une équipe chinoise a constaté une mutation particulière sur les virus de huit patients hospitalisés à Singapour. En effet le génome du SARS-CoV-2 qui les avait contaminés présentait une délétion (suppression) d'un enchaînement de 382 nucléotides contenant, entre autre, le gène ORF8 codant pour la protéine qui intervient dans la réplication du virus.
Ils se sont rendu compte que les virus, dépourvus de cette séquence génomique, circulaient depuis au moins la mi-février 2020. Ce qui pourrait expliquer pourquoi l'épidémie aurait été mieux contenue à Singapour et dans cette région du monde, et pas uniquement grâce à une meilleure gestion de la pandémie.
La clef de la baisse de contagiosité serait-elle cachée dans la zone du génome contenant le gène ORF8 ?
Ces résultats montrent qu'il peut y avoir des mutations sélectives dans le SARS-CoV-2. Des données similaires sur le SARS-CoV, avaient laissés les scientifiques supposer que la variation génétique dans la région du gène ORF8 était le résultat d'une adaptation virale.
De plus, des études in vivo, sur des animaux auxquels on a inoculé le SARS-CoV ont montré que la présence du gène ORF8 induisait une température corporelle moyenne plus élevée et des réponses en anticorps plus fortes, que lorsqu'il était absent, suggérant que la présence du gène ORF8 (natif ou muté), chez l'homme pouvait conduire à une réponse immunitaire plus forte, qu'en son absence.
Au vu de ces différents résultats, il serait intéressant de séquencer les génomes des souches de virus Covid-19 ayant contaminé les derniers patients afin de vérifier si la région contenant le ORF8 a muté ou a disparu. Cela permettrait éventuellement de déterminer à quel stade nous en sommes de la pandémie et de valider l'hypothèse selon laquelle la courbe de la pandémie suivrait l'évolution et le devenir du gène ORF8.
Des études complémentaires devront valider la corrélation entre la présence ou non de ce gène et la baisse de la contagiosité. Si tel est le cas, ce gène pourrait servir d'indicateur pour d'éventuelles pandémies à venir. Une des pistes de médicaments pourrait être de cibler cette protéine ORF8 afin de la rendre inactive ou d'empêcher qu'elle puisse être traduite à partir du gène ORF8.
En attendant, on a de bonne chance de penser que c'est un mécanisme de cet ordre qui semble se produire.
Lorsque de la tranchée, vous voyez l’ennemi qui se retire vous n’avez pas encore gagné la guerre, mais quelque chose se passe.
Il y a t-il une baisse de la contagiosité et une atténuation des symptômes ?
Pour ce qui est de la contagiosité, cela semble être le cas, si l'on se réfère aux nombres de nouvelles contaminations dans les zones où les personnes se sont le moins confinées en France. Ceci est plus particulièrement vrai en région parisienne où l'on aurait pu s'attendre à une flambée de l'épidémie. Or les chiffres ne semblent pas croître de manière exponentielle.
Pour l'atténuation des symptômes, on va faire un petit tour du côté de l'Italie avec de bonnes nouvelles et le témoignage de Massimo Clementi, directeur du Laboratoire de Microbiologie et Virologie de l’IRCCS Hôpital San Raffaele de Milan pour le quotidien quotidiano.net.
D'après lui, le profil de l’infection est en train de changer, par rapport aux premiers jours du tsunami. "Lorsque de la tranchée, vous voyez l’ennemi qui se retire vous n’avez pas encore gagné la guerre, mais quelque chose se passe".
En mars, les unités de soins intensifs étaient pleines de patients qui arrivaient aux urgences avec une insuffisance respiratoire nécessitant une ventilation. Nous avons vu beaucoup de morts. Maintenant, ces situations sont de plus en plus rares, comme le confirment les données de la Protection Civile".
Aux USA, le virus voyagerait d'est en ouest, d'un océan à l'autre, tandis qu'il perdrait en virulence, au cours de ses mutations. Par exemple dans l'état de Washington, dans l'ouest des Etats Unis, où l'épidémie est arrivée plus tardivement, les souches seraient moins virulentes.
Il semblerait que les mutations et les délétions de la région du génome où se trouve le gène ORF8, puissent expliquer le phénomène d'accélération puis de régression de cette maladie épidémique, comme le suggérait le Professeur Raoult, dans son explication sur le fonctionnement des maladies épidémiques. "La fin de partie" serait donc en bonne voie.
Nous avons maintenant de bonnes raisons d'espérer et de voir l'avenir de manière plus positive, avec le retour à une vie où la gaieté pourra enfin retrouver toute sa place.
Mais en attendant, la prudence est de mise, continuez à bien respecter les gestes barrières, le port du masque et la distanciation sociale car tant qu'on n'aura pas la preuve scientifique que le virus a bel et bien muté vers une forme bénigne, il faudra maintenir notre vigilance.
Take care,
M. E. DAVID
#covid19 #actucovid19 #genomecovid19 #mutationscovid19 #finpandemiecovid19 #geneORF8covid19
#lecovid19pourlesintelligentsquisignorent
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Most New York Coronavirus Cases Came From Europe, Genomes Show
Travelers seeded multiple cases starting as early as mid-February, genomes show.
https://www.nytimes.com/2020/04/08/science/new-york-coronavirus-cases-europe-genomes.html
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Les routes du Covid-19 révélées par les gènes
Le virus SARS-CoV-2 se répand à travers le monde, mais selon quels chemins ? Grâce au séquençage de nombreux génomes viraux, les experts reconstituent l'histoire de la pandémie et imaginent ...
https://www.pourlascience.fr/sd/genetique/les-routes-du-covid-19-revelees-par-les-genes-19009.php
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On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2
ABSTRACT. The SARS-CoV-2 epidemic started in late December 2019 in Wuhan, China, and has since impacted a large portion of China and raised major global concer
https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwaa036/5775463
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Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2
A new severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) associated with human to human transmission and extreme human sickness has been as of late announced from the city of Wuhan in ...
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The establishment of reference sequence for SARS-CoV-2 and variation analysis.
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Roma, 8 maggio 2020 - Vuoi vedere che questo Coronavirus toglie il disturbo? Le cronache ci dicono che il profilo dell'infezione sta cambiando, rispetto ai primissimi giorni dello tsunami. Lo ...
https://www.quotidiano.net/salute/coronavirus-news-1.5139665
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BIBLIOGRAPHIE
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